Taksonoomia klassifitseerimise kriteeriumid

Carlos Linneo lähtus oma klassifikatsioonisüsteemis keha struktuuri sarnasustest. Näiteks pidas ta nahkhiirt imetajaks, kuna sellel oli palju struktuurseid sarnasusi teiste imetajatega. Ainuüksi see, et tal olid tiivad, ei kvalifitseerinud teda linnuks. Muud tõendid näitavad, et kuigi nahkhiirtel on tiivad, on nad imetajad ja mitte linnud.
Linné töö taksonoomia alal tehti rohkem kui sajand enne Darwini või Mendeli tööd. Pärast seda, kui Darwin esitas oma evolutsiooniteooria, nägid teadlased organismide erinevusi ja sarnasusi evolutsiooniproduktidena. Tänapäeval on taksonoomia põhirõhk evolutsiooniliste suhete uurimine.
Liigi klassifikatsioon põhineb selle liigi arengulool. Näiteks omal ajal liigitati küülikud ja oravad näriliste hulka. Küülikute primitiivsete fossiilide uurimine näitab, et nad arenesid teistsugusest esivanemast kui näriliste esivanemad. Sel põhjusel klassifitseeritakse küülikud nüüd närilistest eraldi rühma.
Paljud ideed, mis toetavad evolutsiooniteooriat, annavad kasuliku aluse organismi liigitamiseks konkreetseks liigiks. Praegu uurivad organisme klassifitseerivad taksonoomid neid mitmel viisil:

1. Uuritakse organismi üldist struktuuri, et proovida leida homoloogseid struktuure. Pidage meeles, et homoloogsed struktuurid on struktuurid, millel on põhiline sarnasus ja mis on välja kujunenud organismides, millel võib olla olnud ühine esivanem. Näiteks on linnu tiivad ja kilpkonna jalg homoloogsed struktuurid.
2. Uuritakse liigi elutsüklit, et otsida bioloogilist sarnasust teiste organismirühmadega.
3. Fossiilseid andmeid uuritakse, kui need on kättesaadavad, et näidata organismide vahelisi suhteid ajas.
4. Määratakse liigi biokeemilise sarnasuse aste. Aminohapete järjestus sarnastes valkudes on liigiti erinev. Teatud valkude aminohapete järjestuse sarnasused võivad aidata kindlaks teha, kuidas organisme klassifitseerida.
5. Uuritakse erinevate liikide kromosoomide geneetilist sarnasust. Teave selle sarnasuse kohta võib anda klassifitseerimiseks väga olulisi vihjeid. Seoseid erinevate liikide vahel võib leida, uurides ja võrreldes järgmisi segmente:
6. DNA. Mida sarnasem on nukleotiidide alusjärjestus, seda tihedamalt on liigid omavahel seotud.