Kriteriji klasifikacije taksonomije

Carlos Linneo, svoj sustav klasifikacije temeljio je na sličnostima u strukturi tijela. Na primjer, smatrao je šišmiša sisavcem jer je imao mnogo strukturnih sličnosti s drugim sisavcima. Sama činjenica da je imala krila nije ga kvalificirala za pticu. Drugi dokazi pokazuju da iako šišmiši imaju krila, sisavci su, a ne ptice.
Linnejev rad na taksonomiji obavljen je više od jednog stoljeća prije rada Darwina ili Mendela. Nakon što je Darwin predstavio svoju Teoriju evolucije, znanstvenici su razlike i sličnosti u organizmima vidjeli kao proizvode evolucije. Danas je glavni naglasak taksonomije proučavanje evolucijskih odnosa.
Klasifikacija vrste temelji se na evolucijskoj povijesti te vrste. Primjerice, svojedobno su zečevi i vjeverice klasificirani kao glodavci. Proučavanje primitivnih fosila zečeva pokazuje da su oni evoluirali od drugog pretka od pretka glodavaca. Iz tog su razloga kunići sada svrstani u odvojenu skupinu od glodavaca.
Mnoge ideje koje podupiru Teoriju evolucije pružaju korisnu osnovu za klasificiranje organizma kao određene vrste. Danas ih taksonomi koji klasificiraju organizme proučavaju na razne načine:

1. Opća struktura organizma proučava se kako bi se pokušalo pronaći homologne strukture. Zapamtite da su homologne strukture strukture koje imaju osnovnu sličnost i razvile su se u organizmima koji su možda imali zajedničkog pretka. Na primjer, krila ptice i noga kornjače homologne su strukture.
2. Životni ciklus vrste proučava se kako bi se pronašla biološka sličnost s drugim skupinama organizama.
3. Fosilni podaci proučavaju se, ako su dostupni, kako bi se pokazali odnosi između organizama tijekom vremena.
4. Određuje se stupanj biokemijske sličnosti između vrsta. Redoslijed aminokiselina u sličnim proteinima razlikuje se od vrste do vrste. Sličnosti u redoslijedu aminokiselina određenih bjelančevina mogu pomoći u određivanju načina razvrstavanja organizama.
5. Proučava se genetska sličnost kromosoma različitih vrsta. Informacije o ovoj sličnosti mogu pružiti vrlo važne naznake za klasifikaciju. Odnosi između različitih vrsta mogu se pronaći proučavanjem i usporedbom segmenata:
6. DNA. Što su sličniji redoslijed baza nukleotida, vrste su usko povezane.