პეპტიდური ბონდის მაგალითი

პეპტიდ ბონდი არის ის, რომელშიც ამინომჟავის ორ მოლეკულას კონდენსაცია უერთდება.

პეპტიდური ობლიგაციების უკეთ გასაგებად, პირველ რიგში უნდა განისაზღვროს ამინომჟავები:

ამინომჟავები ორგანული მოლეკულებია მოკლე, რომელიც შეიცავს მინიმუმ ამინო ჯგუფი (-NH)₂), ტუტე ბუნება, და კარბოქსილის ჯგუფი (-COOH), მჟავე ხასიათისაა.

მიუხედავად იმისა, რომ ცოცხალი არსებები სინთეზირებენ ამინომჟავების ძალიან მრავალფეროვან ტიპებს, მათგან ყველაზე მნიშვნელოვანია ცილების ნაწილია, ყველა მათგანი ეკუთვნის კლასს α- ამინომჟავები.

Α- ამინომჟავებს ახასიათებს მჟავა და ამინო ჯგუფები ერთ ნახშირბადის ატომზე, α α ნახშირბადთან. გარდა ამისა, ეს α ნახშირბადი უკავშირდება, როგორც მესამე შემცვლელს, წყალბადის ატომი და, როგორც მეოთხე შემცვლელი, მრავალფეროვანი ზომისა და მახასიათებლების დამატებითი ჯგუფი, რომელიც განასხვავებს თითოეულ ამინომჟავასგან სხვები

მეოთხე შემცვლელი ეწოდება გვერდითი ჯაჭვი ამინომჟავა და ხშირად გამარტივებული ფორმით არის წარმოდგენილი R ასოთი.

ვინაიდან α- ნახშირბადის ოთხი შემცვლელი განსხვავებულია და მის გარშემო იღებენ ტეტრაჰედრალურ წყობას, α- ამინომჟავები

ოპტიკური იზომერია, რაც მაშინ, როდესაც მოლეკულას აქვს a ალტერნატიული ფორმა რომ ჰგავს ა სარკის გამოსახულება მისი, რომელიც საბოლოოდ არ არის ტოლი მოლეკულა. მოლეკულის ამ ორ იზომერულ ფორმას ენიჭება ასოები D ან L, რაც დამოკიდებულია იმაზე, თუ როგორ არიან განლაგებული შემცვლელები სივრცეში. ყველა ამინომჟავა, რომელიც ცილებშია, არის L.

ამინომჟავები კლასიფიცირებულია მათი ქიმიური ხასიათის მიხედვით პოლარული და აპოლარული. თავის მხრივ, პოლერები იყოფა ნეიტრალური და ბრალი (რომელიც შეიძლება იყოს მჟავე ან ფუძე). არაპოლარული შეიძლება იყოს ალიფატური ან არომატული.

პეპტიდები და პეპტიდური ბონდი

პეპტიდები წარმოადგენენ ამინომჟავების კოვალენტურ გაერთიანებას ამიდური ობლიგაციების საშუალებით, წარმოქმნიან მათ ერთის კარბოქსილის ბოლოს და მეორის ამინოს ბოლოს კონდენსაცია, წყლის მოლეკულის გამოყოფა რეაქცია ამ კავშირს პეპტიდ ბონდს უწოდებენ.

ქვემოთ მოცემულია ამ რეაქციის მექანიზმი, რომელშიც ამინო და კარბოქსილის ჯგუფები, და ამინომჟავის მოლეკულების კონდენსაცია ხდება პეპტიდის ფორმირებისთვის.

პეპტიდები, ისევე როგორც ამინომჟავები და ცილები, აქვთ ამინო ჯგუფი და კარბოქსილის ჯგუფი მათ ბოლოებზე რეაგირების გარეშე.

მარტივი პეპტიდის ფორმულის დასადგენად და ცილაც კი საკმარისია ჩამოთვალოთ ამინომჟავები, რომლებიც ქმნიან მას, დაწყებული უფასო ამინო ჯგუფითდა მთავრდება ერთით, რომელიც შეიცავს მის უფასო კარბოქსილის ჯგუფს.

სხეულში აღმოჩენილი ზოგიერთი პეპტიდებია ვასოპრესინი, რაც ზრდის არტერიულ წნევას და ზრდის წყლის რეაბსორბციას თირკმელში; ენკეფალინი, რაც ამცირებს ტკივილის შეგრძნებას; და ოქსიტოცინი, რაც იწვევს საშვილოსნოს შეკუმშვას.

პეპტიდური ბონდის მახასიათებლები

ერთი ამინომჟავის ამინო ჯგუფის კონდენსაცია სხვის კარბოქსილთან, ხდება წყალხსნარში, ამიტომ ეს არ არის სპონტანური, და ამიტომ ცილების სინთეზი მოითხოვს ენერგიის მიწოდებას.

პეპტიდური ბონდი, როგორც ნებისმიერი ამიდური ბმა, წარმოადგენს რეზონანსს ორ უკიდურეს ფორმას შორის: ნეიტრალური ფორმა, ერთი ბმით უერთდება პირველი ამინომჟავის კარბონილის ნახშირბადს და მეორის ამინო აზოტს (C-N) და ფორმა ბრალდების გამიჯვნით რომელშიც ორი ატომი ორმაგი ბმით არის დაკავშირებული (C = N). სინამდვილეში, პეპტიდური კავშირი არ იღებს არცერთ ექსტრემალურ სიტუაციას, ან არის რეზონანსული ჰიბრიდი.

არის ზარი პეპტიდური თვითმფრინავი, შედგება პეპტიდური ბონდის მონაწილე ყველა ატომი, რომლებიც უერთდებიან ორ საწყის ამინომჟავებს. ერთის მხრივ, აზოტისა და წყალბადის ატომები, მათი ამ ნახშირბადის α პირველ ამინომჟავაში. სხვა, ნახშირბადის α სხვა ამინომჟავის, ჟანგბადის და ნახშირბადის კარბონილის ჯგუფი.

განსხვავებები პეპტიდებსა და ცილებს შორის

პეპტიდებს აქვთ ამინომჟავების დაბალი რაოდენობა, რომელიც ორიდან რამდენიმე ათეულამდე მერყეობს და მათი კონფორმაცია ხსნარში ხდება მოქნილი.

მცირე ცილები, სტრუქტურულად ახლოს არის მსხვილ პეპტიდებთან, აქვს ა განსაზღვრული კონფორმაცია და გაცილებით ნაკლებად მოქნილი.

არსებობს ცილები, რომლებსაც პეპტიდების მსგავსად, აქვთ მოუწესრიგებელი და მოქნილი კონფორმაცია, მაგრამ ეს წესრიგია, როდესაც ისინი ურთიერთქმედებენ უჯრედის სხვა მაკრომოლეკულებთან.

ამინომჟავების 20 მაგალითი, რომლებიც მონაწილეობენ პეპტიდების შეერთებაში

1. ვისტერია
2. გოგონას
3. ვალინი
4. ლეიცინი
5. იზოლაცინი
6. პროლინი
7. მეთიონინი
8. ფენილალანინი
9. ტიროზინი
10. ტრიპტოფანი
11. სერინი
12. ტრეონინი
13. ცისტეინი
14. ასპარაგინი
15. გლუტამინი
16. ასპარტინის მჟავა
17. გლუტამინის მჟავა
18. ლიზინი
19. არგინინი
20. ჰისტიდინი