Taksonomijos klasifikavimo kriterijai

Carlosas Linneo klasifikavimo sistemą grindė kūno struktūros panašumais. Pavyzdžiui, jis laikė šikšnosparnį žinduoliu, nes jis turėjo daug struktūrinių panašumų su kitais žinduoliais. Vien tai, kad jis turėjo sparnus, netapo paukščiu. Kiti įrodymai rodo, kad nors šikšnosparniai turi sparnus, jie yra žinduoliai, o ne paukščiai.
Linnaeus darbas taksonomijos srityje buvo atliktas daugiau nei šimtmetį iki Darwino ar Mendelio darbų. Po to, kai Darvinas pristatė savo evoliucijos teoriją, mokslininkai organizmų skirtumus ir panašumus suprato kaip evoliucijos produktus. Šiandien pagrindinis taksonomijos akcentas yra evoliucinių santykių tyrimas.
Rūšių klasifikavimas pagrįstas tos rūšies evoliucijos istorija. Pavyzdžiui, vienu metu triušiai ir voverės buvo priskiriami graužikams. Tyrimas apie primityvias triušių fosilijas rodo, kad jie išsivystė iš kito protėvio nei graužikų protėvis. Dėl šios priežasties triušiai dabar klasifikuojami atskiroje grupėje nuo graužikų.
Daugelis evoliucijos teoriją palaikančių idėjų yra naudingas pagrindas organizmą priskirti tam tikrai rūšiai. Šiandien organizmus klasifikuojantys taksonomai juos tiria įvairiai:

1. Tiriama bendra organizmo struktūra, bandant rasti homologines struktūras. Atminkite, kad homologinės struktūros yra struktūros, kurios turi pagrindinį panašumą ir išsivystė organizmuose, kurie galėjo turėti bendrą protėvį. Pavyzdžiui, paukščio sparnai ir vėžlio koja yra homologiškos struktūros.
2. Tiriamas rūšies gyvavimo ciklas, siekiant ieškoti biologinio panašumo su kitomis organizmų grupėmis.
3. Tiriamas iškastinis įrašas, jei toks yra, siekiant parodyti organizmų santykius laikui bėgant.
4. Nustatomas rūšies biocheminio panašumo laipsnis. Amino rūgščių tvarka panašiuose baltymuose skiriasi pagal rūšis. Tam tikrų baltymų aminorūgščių eilės panašumai gali padėti nustatyti, kaip klasifikuoti organizmus.
5. Tiriamas skirtingų rūšių chromosomų genetinis panašumas. Informacija apie šį panašumą gali suteikti labai svarbių klasifikavimo patarimų. Santykius tarp skirtingų rūšių galima rasti tiriant ir lyginant:
6. DNR. Kuo panašesnė yra nukleotidų bazių tvarka, tuo rūšys yra labiau susijusios.