เกณฑ์การจัดหมวดหมู่อนุกรมวิธาน

Carlos Linneo ตามระบบการจำแนกของเขาบนความคล้ายคลึงกันในโครงสร้างของร่างกาย ตัวอย่างเช่น เขาถือว่าค้างคาวเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม เพราะมีโครงสร้างที่คล้ายคลึงกันกับสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมอื่นๆ ความจริงที่ว่ามันมีปีกไม่ถือว่าเป็นนก หลักฐานอื่น ๆ แสดงให้เห็นว่าแม้ว่าค้างคาวจะมีปีก แต่ก็เป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมไม่ใช่นก
งานอนุกรมวิธานของลินเนอัสเสร็จก่อนงานของดาร์วินหรือเมนเดลมากกว่าหนึ่งศตวรรษ หลังจากดาร์วินนำเสนอทฤษฎีวิวัฒนาการ นักวิทยาศาสตร์เห็นความแตกต่างและความคล้ายคลึงกันในสิ่งมีชีวิตเป็นผลจากวิวัฒนาการ ทุกวันนี้ จุดเน้นหลักของอนุกรมวิธานคือการศึกษาความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ
การจำแนกประเภทของสปีชีส์ขึ้นอยู่กับประวัติวิวัฒนาการของสปีชีส์นั้น ตัวอย่างเช่น ครั้งหนึ่ง กระต่ายและกระรอกจัดเป็นสัตว์ฟันแทะ การศึกษาฟอสซิลกระต่ายดึกดำบรรพ์แสดงให้เห็นว่าพวกมันมีวิวัฒนาการมาจากบรรพบุรุษที่แตกต่างจากบรรพบุรุษของหนู ด้วยเหตุนี้ กระต่ายจึงถูกจัดอยู่ในกลุ่มที่แยกจากสัตว์ฟันแทะ
แนวคิดมากมายที่สนับสนุนทฤษฎีวิวัฒนาการเป็นพื้นฐานที่มีประโยชน์สำหรับการจำแนกสิ่งมีชีวิตเป็นสายพันธุ์เฉพาะ วันนี้นักอนุกรมวิธานที่จำแนกสิ่งมีชีวิตศึกษาด้วยวิธีต่างๆ:

1. มีการศึกษาโครงสร้างทั่วไปของสิ่งมีชีวิตเพื่อค้นหาโครงสร้างที่คล้ายคลึงกัน จำไว้ว่าโครงสร้างที่คล้ายคลึงกันคือโครงสร้างที่มีความคล้ายคลึงพื้นฐานและได้พัฒนาในสิ่งมีชีวิตที่อาจมีบรรพบุรุษร่วมกัน ตัวอย่างเช่น ปีกของนกและขาของเต่าเป็นโครงสร้างที่คล้ายคลึงกัน
2. มีการศึกษาวงจรชีวิตของสปีชีส์เพื่อค้นหาความคล้ายคลึงทางชีวภาพกับสิ่งมีชีวิตกลุ่มอื่น
3. มีการศึกษาบันทึกฟอสซิล (ถ้ามี) เพื่อแสดงความสัมพันธ์ระหว่างสิ่งมีชีวิตในช่วงเวลาหนึ่ง
4. กำหนดระดับความคล้ายคลึงกันทางชีวเคมีระหว่างสปีชีส์ ลำดับของกรดอะมิโนในโปรตีนที่คล้ายคลึงกันนั้นแตกต่างกันไปในแต่ละสายพันธุ์ ความคล้ายคลึงกันในลำดับกรดอะมิโนของโปรตีนบางชนิดสามารถช่วยกำหนดวิธีการจำแนกสิ่งมีชีวิตได้
5. มีการศึกษาความคล้ายคลึงทางพันธุกรรมระหว่างโครโมโซมของสปีชีส์ต่างๆ ข้อมูลเกี่ยวกับความคล้ายคลึงนี้สามารถให้เบาะแสที่สำคัญมากสำหรับการจำแนกประเภท ความสัมพันธ์ระหว่างสายพันธุ์ต่างๆ สามารถพบได้โดยการศึกษาและเปรียบเทียบกลุ่มของ:
6. ดีเอ็นเอ. ยิ่งลำดับเบสของนิวคลีโอไทด์คล้ายคลึงกันมากเท่าใด สปีชีส์ก็ยิ่งมีความเกี่ยวข้องกันมากขึ้น