Taksonomian luokitteluperusteet

Carlos Linneo perusti luokitusjärjestelmänsä kehon rakenteen yhtäläisyyksiin. Hän piti esimerkiksi lepakkoa nisäkkääksi, koska sillä oli monia rakenteellisia yhtäläisyyksiä muiden nisäkkäiden kanssa. Pelkästään se, että sillä oli siivet, ei kvalifioinut sitä linnuksi. Muut todisteet osoittavat, että vaikka lepakoilla on siivet, ne ovat nisäkkäitä eivätkä lintuja.
Linnaeuksen työ taksonomiassa tehtiin yli vuosisata ennen Darwinin tai Mendelin työtä. Kun Darwin on esittänyt evoluutioteoriansa, tutkijat näkivät organismien erot ja samankaltaisuudet evoluution tuotteina. Nykyään taksonomian pääpaino on evoluutiosuhteiden tutkiminen.
Lajin luokittelu perustuu kyseisen lajin evoluutiohistoriaan. Esimerkiksi kerrallaan kanit ja oravat luokiteltiin jyrsijöiksi. Kanien primitiivisten fossiilien tutkimus osoittaa, että ne ovat kehittyneet eri esi-isistä kuin jyrsijöiden esi-isistä. Tästä syystä kanit luokitellaan nyt erilliseen ryhmään jyrsijöistä.
Monet evoluutioteoriaa tukevista ideoista tarjoavat hyödyllisen perustan organismin luokittelemiseksi tietyksi lajiksi. Nykyään organismeja luokittelevat taksonomistit tutkivat niitä eri tavoin:

1. Organismin yleistä rakennetta tutkitaan yrittääkseen löytää homologisia rakenteita. Muista, että homologiset rakenteet ovat rakenteita, joilla on perustavanlaatuinen samankaltaisuus ja jotka ovat kehittyneet organismeissa, joilla voi olla ollut yhteinen esi-isä. Esimerkiksi linnun siivet ja kilpikonnan jalka ovat homologisia rakenteita.
2. Lajin elinkaarta tutkitaan biologisen samankaltaisuuden löytämiseksi muiden organismiryhmien kanssa.
3. Fossiilista tietoa tutkitaan, jos sellainen on käytettävissä, organismien välisten suhteiden osoittamiseksi ajan myötä.
4. Lajien välinen biokemiallisen samankaltaisuuden aste määritetään. Aminohappojen järjestys samanlaisissa proteiineissa vaihtelee lajeittain. Tiettyjen proteiinien aminohappojärjestyksen yhtäläisyydet voivat auttaa määrittämään organismien luokittelun.
5. Eri lajien kromosomien geneettistä samankaltaisuutta tutkitaan. Tiedot tästä samankaltaisuudesta voivat tarjota erittäin tärkeitä vihjeitä luokitukseen. Eri lajien väliset suhteet löytyvät tutkimalla ja vertaamalla segmenttejä:
6. DNA. Mitä samankaltaisempi nukleotidiemäsjärjestys on, sitä läheisemmät lajit ovat.