חוק ההפרדה

לאחר שהשיג כמה דורות של
צמחים על ידי הפרייה עצמית, מנדל הבחין כי הצאצאים דומים להוריהם, ומהווים את מה שנקרא לימים קווים טהורים.
לתחילת הצלבים הוא השתמש בצמחים הומוזיגוטיים, בעלי אופי מנוגד יחיד, שכלל זוג אללים, כלומר, הוא עשה צלב חד-היברידי. לשבע הדמויות שבחרת יש שני ביטויים, אחד מהם מתנהג כדומיננטי והשני רצסיבי. כדי לייצג את הדמות הדומיננטית הוא השתמש באותיות גדולות ובאותיות קטנות ורססיביות.
כך, למשל, בדור ההורים המיוצג על ידי צמחים של קו טהור בצורת ה נדן, אלה עם נדן חלק הם דומיננטיים הומוזיגוטיים (AA) ואלה עם נדן נוקשה הם רצסיביים הומוזיגוטיים (aa); כאשר מייצרים גיימטים, יש להם רק גורם אחד: A או a.
כאשר המימנים מופרים הם מקורם בדור השורשי הראשון (F1), שנוצר על ידי גנוטיפים הטרוזיגוטיים (Aa); מבחינה פנוטיפית (כלומר הגנים המובעים) כולם זהים ומראים את האופי הדומיננטי: נדן חלק, כך שאופי הנדן המחוספס נעלם בדור זה.

A = נדן חלק A = נדן מחוספס

F1	ל	ל
ל	A / a	A / a
ל	A / a	A / a

תוֹצָאָה = גנוטיפ = 100% A / a
פנוטיפ = 100% תרמילים חלקים
פרשנות = כולם הטרוזיגוטים, והאופי הדומיננטי בא לידי ביטוי.
הוא האביק בעצמו את צמחי דור ה- F1 והשיג דור פיליוני שני (F2), בו מופיעים הדמויות החצויות במקור: תרמילים חלקים ותרמילים גסים.

הדמות הרצסיבית שנעלמה ב- F1 נותרה מוסתרת במשך דור. וגם בדור החדש הזה (F2), הפנוטיפים החלקים והמחוספסים באים לידי ביטוי בפרופורציה מוגדרת:

F2	ל	ל
ל	A / A	A / a
ל	ל/ל	a / a

תוֹצָאָה =
גנוטיפ:% A / A; V * A / a ו-% a / a.

פנוטיפ: 75% תרמיל חלק; נדן מחוספס 25%
פרשנות = הומוזיגוטים A / A באים לידי ביטוי לנדן חלק; הטרוזיגוטים באים לידי ביטוי כנדן חלק מכיוון שמדובר באופי דומיננטי ו- a / a הומוזיגוטיים באים לידי ביטוי כנדן גס מכיוון שלמרות היותם רצסיביים, הם שני גנים זהים.
כתוצאה מהתצפיות הללו קבע מנדל את חוק ההפרדה האומר: על ידי חציית שני פרטים השונים באופי אחד בלבד, במהלך היווצרות משחקי הגומלין שלהם מופרד צמד הגנים האחראים לכל דמות, כך שכל גמט מכיל אלל אחד בלבד לדמות זו.
מבין האללים, צורה אחת של התכונה התורשתית היא דומיננטית ומונעת את ביטוי התכונה הרצסיבית.