Taksonomijas klasifikācijas kritēriji

Karloss Linneo savu klasifikācijas sistēmu pamatoja ar līdzībām ķermeņa struktūrā. Piemēram, viņš sikspārni uzskatīja par zīdītāju, jo tam bija daudz strukturālas līdzības ar citiem zīdītājiem. Pats fakts, ka tam bija spārni, neatzina to par putnu. Citi pierādījumi liecina, ka, kaut arī sikspārņiem ir spārni, tie ir zīdītāji, nevis putni.
Linnē darbs taksonomijas jomā tika veikts vairāk nekā gadsimtu pirms Darvina vai Mendela darba. Pēc tam, kad Darvins iepazīstināja ar savu evolūcijas teoriju, zinātnieki organismu atšķirības un līdzības uzskatīja par evolūcijas produktiem. Mūsdienās galvenais taksonomijas uzsvars ir uz evolūcijas attiecību izpēti.
Sugas klasifikācija ir balstīta uz šīs sugas evolūcijas vēsturi. Piemēram, savulaik truši un vāveres tika klasificēti kā grauzēji. Pētījums par primitīvām trušu fosilijām parāda, ka tie attīstījās no cita priekšteča nekā grauzēju sencis. Šī iemesla dēļ truši tagad ir klasificēti atsevišķā grupā no grauzējiem.
Daudzas idejas, kas atbalsta evolūcijas teoriju, ir noderīgs pamats, lai organismu klasificētu kā noteiktu sugu. Mūsdienās taksonomisti, kas klasificē organismus, tos pēta dažādos veidos:

1. Lai mēģinātu atrast homoloģiskas struktūras, tiek pētīta organisma vispārējā struktūra. Atcerieties, ka homologās struktūras ir struktūras, kurām ir pamata līdzība un kuras ir attīstījušās organismos, kuriem, iespējams, ir bijis kopīgs sencis. Piemēram, putna spārni un bruņurupuča kāja ir homoloģiskas struktūras.
2. Tiek pētīts sugas dzīves cikls, lai meklētu bioloģisku līdzību ar citām organismu grupām.
3. Izrakteņu uzskaite tiek pētīta, ja tāda ir pieejama, lai parādītu attiecības starp organismiem laika gaitā.
4. Tiek noteikta sugas bioķīmiskās līdzības pakāpe. Aminoskābju secība līdzīgos proteīnos dažādās sugās ir atšķirīga. Dažu olbaltumvielu aminoskābju secība var palīdzēt noteikt organismu klasifikāciju.
5. Tiek pētīta dažādu sugu hromosomu ģenētiskā līdzība. Informācija par šo līdzību var sniegt klasifikācijai ļoti svarīgas norādes. Attiecības starp dažādām sugām var atrast, pētot un salīdzinot segmentus:
6. DNS. Jo līdzīgāka ir nukleotīdu bāzu kārtība, jo sugas ir ciešāk saistītas.